Карелия является одним из сильно заболоченных регионов мира, болота и заболоченные леса занимают треть территории республики. Это обусловлено комплексом климатических и геолого-геоморфологических факторов. Болотообразование в Карелии началось около 9 тысяч лет назад как путем зарастания мелководных водоемов так и заболачиванием переувлажненных участков суши. К настоящему времени болота со слоем торфа более 30 см покрывают около 4 млн.га и около 1,5 млн.га приходится на заболоченные леса с тонким слоем торфа.

Болотные экосистемы Карелии, как и смежных регионов Фенноскандии, очень разнообразны по составу флоры и фауны, структуре растительного покрова, генезису и стратиграфии. Оценка биоразнообразия болотных экосистем выполнена на различных структурных уровнях их организации. В составе флоры болот выявлено 289 видов сосудистых растений ( Kuznetsov, 1995) и 109 видов листостебельных мхов (Максимов,1988), среди них более 40 редких и нуждающихся в охране(Красная книга Карелии, 1995).

Растительный покров болот представлен широким спектром моховых, травяных, древесно-моховых и древесно-травяных сообществ и их комплексов различной трофности. Наиболее распространены омбротрофные (верховые) сфагновые грядово-мочажинные и сосново-кустарничково-сфагновые болота (Прибеломорская низменность и южные районы), мезотрофные грядово-мочажинные аапа болота с топкими травяными мочажинами (северная и средняя Карелия) и мезотрофные травяно-сфагновые болота (средняя и южная Карелия). Заболоченные леса представлены широким спектром типов лесов на различных стадиях болотообразования.

Большие площади болот и заболоченных лесов (около 720 тыс.га ) в средней и южной Карелии в 50-80 -ые годы были осушены для лесного хозяйства. На значительной части этих земель не сформировались полноценные лесные сообщества. В республике создана широкая сеть ООПТ, в состав большинства из них входят и болота. Специально для охраны болот созданы несколько болотных и комплексных заказников и 84 болотных памятника природы. Всего охраняется около 130 тыс.га болот, что необеспечивает сохранения всего разнообразия их типов, растительных сообществ и сеть охраняемых болт должна быть значительно расширена.